Monitoreos de:
- Aguas para uso y consumo humano
- Aguas superficiales, cuerpos receptores y efluentes
- Aguas subterráneas
- Aguas residuales domésticas e industriales
- Moluscos bivalvos, CERPER participa como ente de apoyo de la autoridad sanitaria para la habilitación sanitaria de las zonas de extracción, realizando el muestreo del agua de mar y producto en las zonas que se encuentran dentro del programa nacional de sanidad de mariscos 
- Toma de muestras de fitoplancton, zooplancton, perifiton en cuerpos de agua y macrozoobentos en sedimentos.
Sector Medio Ambiente