Monitoreos de:
• Aguas para uso y consumo humano
• Aguas superficiales, cuerpos receptores y efluentes
• Aguas subterráneas
• Aguas residuales domésticas e industriales
• Moluscos bivalvos, CERPER participa como ente de apoyo de la autoridad sanitaria para la habilitación sanitaria de las zonas de extracción, realizando el muestreo del agua de mar y producto en las zonas que se encuentran dentro del programa nacional de sanidad de mariscos 
• Toma de muestras de fitoplancton, zooplancton, perifiton en cuerpos de agua y macrozoobentos en sedimentos.
Sector Medio Ambiente